La fondazione della Pinacoteca, nel 1802, rientra nel programma di riforme culturali elaborato dal governo napoleonico. Sistemata in un palazzo seicentesco, sede anche dell'Accademia di Belle Arti, la raccolta, divisa in tre sezioni, documenta le varie fasi della pittura bolognese dal XIV al XVIII secolo. Nella sezione dei primitivi, si ammirano fra gli altri la Vittoria di S.Giacomo nella battaglia di Clavijo, affresco trasportato su tela dello Pseudo Jacopino di Francesco, un polittico (1333-34) di Giotto e alcune opere di Vitale da Bologna; nella sezione rinascimentale spiccano l'Estasi di S.Cecilia di Raffaello, una Madonna in gloria e santi del Perugino e una Madonna col Bambino e santi del Parmigianino; nella sezione barocca sono particolarmente belle le opere di Guido Reni Ritratto della madre, Strage degli Innocenti e Sansone vittorioso, la Madonna di S.Ludovico, di Annibale Carracci, e la Vestizione di S.Guglielmo, del Guercino.